Το ΚΤΕΛ ελέγχεται από την Περιφέρεια Χανίων και γενικότερα από το κράτος,
μέσω του Υπουργείου Μεταφορών.Το Σεπτέμβριο του 2003 το ΚΤΕΛ ΧΑΝΙΩΝ-ΡΕΘΥΜΝΗΣ άλλαξε νομική μορφή και μετατράπηκε βάση του Νόμου 2963/2001 σε Ανώνυμη εταιρεία με την ονομασία ΚΤΕΛ ΧΑΝΙΩΝ-ΡΕΘΥΜΝΟΥ Α.Ε. διατηρώντας όλα τα δικαιώματα που με
παλαιότερες νομοθεσίες είχε. Η έδρα της εταιρείας παραμένει στα Χανιά.
Ο στόλος της εταιρείας σχεδόν 100% άλλαξε με καινούρια, σύγχρονης τεχνολογίας λεωφορεία κατασκευής 2005 - 2009.
Το ΚΤΕΛ Χανίων - Ρεθύμνου ανταποκρινόμενο στις απαιτήσεις των καιρών, έχει προχωρήσει σε σημαντική βελτίωση της οργάνωσης των υπηρεσιών του με ανθρώπινο δυναμικό, σύγχρονο εξοπλισμό και με ανανέωση του στόλου του με νέας τεχνολογίας λεωφορεία, με μοναδικό σκοπό να προσφέρει στο επιβατικό κοινό ακόμα μεγαλύτερη ασφάλεια και άνεση αλλά και οικονομία στο ταξίδι του.